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1、管理模式不同WMS强调的是过程管理，面向的是过程的控制；而ERP仓储管理强调的是结果管理，面向的是财务的核算。
2、精细程度不同WMS利用条码技术对每个库区库位进行条码标识，上下架都需要进行扫描确认，保障每笔出入库业务的准确性，因而能实现精细的库存管理。同时，也可包容批次和唯一性管理，针对部分贵重物品或关键物料进行唯一性编码，增加物料管理的准确性；而ERP仓储管理虽然也将仓储划分库区库位，但因为没有过程的校验功能，很容易出现错放乱放的情况，导致库存管理非常凌乱，而且无法进行唯一化区别确认。
3、管理效率不同WMS能够通过扫描出入库及盘点，提高工作效率和准确性。 检测设备的集成不但减少了仓储人员的工作量，增加了物料质量追溯的完整性，更方便对供应商进行精细化考核；ERP仓储管理虽然可以集成了条码管理功能，但功能上存在缺陷，不能对其他企业的条码进行解析应用，没有和条码硬件及检测硬件的集成，导致最终不能实际应用。对于出入库、盘点、检验等业务仍需要手工输入，效率比较低下。
4、管理能力不同WMS适用于品种批次多，出入库频度高、对保质期和追溯性有很高要求的仓库；ERP仓库管理适用于品种批次少，出入库频率低、对保质期和追溯性要求较低的企业。
5、硬件集成应用不同WMS拥有条码、输送、叉车终端、检测等设备的集成，能够实现仓库作业管理的自动化应用；ERP仓储管理基本没有硬件的集成应用。
6、拓展性不同WMS灵活性很高，属于在基础软件框架上的二次开发，更贴近客户的需求；ERP仓储管理属于成型的软件模块，基本不支持客户化开发，不能完全贴近自己的需求。
仓储管理系统（WMS）是一个实时的计算机软件系统，它能够按照运作的业务规则和运算法则（algorithms），对信息、资源、行为、存货和分销运作进行更完美地管理，使其最大化满足有效产出和精确性的要求。这里所称的“仓储”包括生产和供应领域中各种类型的储存仓库和配送中心，当然包括普通仓库, 物流仓库以及货代仓库。 其基本有以下模块：收货处理、上架管理、拣货作业、月台管理、补货管理、库内作业、越库操作、循环盘点、RF操作、加工管理、矩阵式收费。
仓库管理的五点含义
1.仓储首先是一项物流活动仓储首先是一项物流活动，或者说物流活动是仓储的本质属性。仓储不是生产、不是交易，而是为生产与交易服务的物流活动中的一项。这表明仓储只是物流活动之一，物流还有其它活动，仓储应该融于整个物流系统之中，应该与其它物流活动相联系、相配合。
这一点与过去的“仓库管理”是有重大区别的。
2.仓储的基本功能仓储活动、或者说仓储的基本功能包括了物品的进出、库存、分拣、包装、配送及其信息处理等六个方面，其中，物品的出入库与在库管理可以说是仓储的最基本的活动，也是传统仓储的基本功能，只不过管理手段与管理水平得到了提升；物品的分拣与包装，过去也是有的，只不过现在更普遍、更深入、更精细，甚至已经与物品的出入库及在库管理相结合、共同构成现代仓储的基本功能；之所以将“配送”作为仓储活动、作为仓储的基本功能之一，是因为配送不是一般意义上的运输，而是仓储的自然延伸，是仓库发展为配送中心的内存要求，如果没有配送，仓储也就仍然是孤立的仓库；至于信息处理，已经是现代经济活动的普遍现象，当然也应是仓储活动的内容之一，离开了信息处理，也就不成其为现代仓储了。
3.仓储的目的仓储的目的是为了满足供应链上下游的需求。这与过去仅仅满足 “客户”的需求在深度与广度方面都有重大区别。谁委托、谁提出需求，谁就是客户；客户可能是上游的生产者、可能是下游的零售业者，也可能是企业内部，但仓储不能仅仅满足直接“客户”的需求，也应满足“间接”客户即客户的客户需求；仓储应该融入到供应链上下游之中，根据供应链的整体需求确立仓储的角色定位与服务功能。4.仓储的条件仓储的条件是特定的有形或无形的场所与现代技术。说“特定”，是因为各个企业的供应链是特定的，仓储的场所当然也是特定的；有形的场所当然就是指仓库、货场或储罐等，现代经济背景下，仓储也可以在虚拟的空间进行，也需要许多现代技术的支撑，离开了现代仓储设施设备及信息化技术，也就没有现代仓储。
5.仓储的方法与水平仓储的方法与水平体现在有效的计划、执行和控制等方面。计划、执行和控制是现代管理的基本内涵，科学、合理、精细的仓储当然离不开有效的计划、执行和控制。