第一类是基于典型的配送中心业务的应用系统，在销售物流中如连锁超市的配送中心，在供应物流中如生产企业的零配件配送中心，都能见到这样的案例。该系统的目标，一是落实国家有关医药物流的管理和控制标准GSP等，二是优化流程，提高效率。 系统功能包括进货管理、库存管理、订单管理、拣选、复核、配送、RF终端管理、商品与货位基本信息管理等功能模块；通过网络化和数字化方式，提高库内作业控制水平和任务编排。该系统把配送时间缩短了50%，订单处理能力提高了一倍以上，还取得了显著的社会效益，成为医药物流的一个样板。 此类系统多用于制造业或分销业的供应链管理中，也是WMS中最常见的一类。
第二类是以仓储作业技术的整合为主要目标的系统，解决各种自动化设备的信息系统之间整合与优化的问题。该系统主要解决原材料库（钢坯）、半成品库（粗轧中厚板）与成品库（精轧薄板）之间的协调运行问题，否则将不能保持连续作业，不仅放空生产力，还会浪费能源。
该系统的难点在于物流系统与轧钢流水线的各自动化设备系统要无缝连接，使库存成为流水线的一个流动环节，也使流水线成为库存操作的一个组成部分。各种专用设备均有自己的信息系统，WMS不仅要整合设备系统，也要整合工艺流程系统，还要融入更大范围的企业整体信息化系统中去。此类系统涉及的流程相对规范、专业化，多出现在大型ERP系统之中，成为一个重要组成部分。第三类是以仓储业的经营决策为重点的应用系统，其鲜明的特点是具有非常灵活的计费系统、准确及时的核算系统和功能完善的客户管理系统，为仓储业经营提供决策支持信息。此类系统多用于一些提供公仓仓储服务的企业中，其流程管理、仓储作业的技术共性多、特性少，所以要求不高，适合对多数客户提供通用的服务。采用了一套适合自身特点的WMS以后，减少了人工成本，提高了仓库利用率，明显增加了经济效益。
仓储管理系统（WMS）是一个实时的计算机软件系统，它能够按照运作的业务规则和运算法则（algorithms），对信息、资源、行为、存货和分销运作进行更完美地管理，使其最大化满足有效产出和精确性的要求。这里所称的“仓储”包括生产和供应领域中各种类型的储存仓库和配送中心，当然包括普通仓库, 物流仓库以及货代仓库。 其基本有以下模块：收货处理、上架管理、拣货作业、月台管理、补货管理、库内作业、越库操作、循环盘点、RF操作、加工管理、矩阵式收费。
在ERP中，资材系统是包括仓储管理的，资材一般包括仓储，采购，生管，物控，主生产计划几个模块，如果仅仅对于物流企业来说，仓库管理系统和物流仓储是等同的，但生产企业中的仓库管理却大不相同，物流仓储主要起到一个周转的做用，而生产企业仓库是ERP的核心。
效率不同ERP仓储管理部分厂家也集成了条码管理功能，但功能更上存在缺陷，不能对其他厂家的条码进行解析应用，没有和条码硬件及检测硬件的集成，导致最终不能实际应用，出入库、盘点、检验等业务仍需要手工输入，效率低下。
WMS则解决了以上的问题，通过扫描出入库及盘点增加了工作效率及准确率，而和检测设备的集成不但减少了仓储人员的工作量，增加了物料质量追溯的完整性，方便对供应商进行精细化考核。 适用范围不同ERP仓库管理适用于品种批次不多，出入库频率不高、对保质期和追溯性要求不高的企业，WMS则适用于品种批次较多，出入库频度很高、对保质期和追溯性有很高要求的仓库。
硬件集成应用不同ERP仓储管理基本没有硬件的集成应用，WMS则和条码设备、输送设备、叉车终端、检测设备等集成，实现仓库作业管理的自动化应用。 拓展性不同ERP仓储管理属于成型的软件模块，基本不支持客户化开发，不能完全贴近自己的需求。WMS则灵活性很高，属于在基础软件框架上的二次开发，更贴近客户的需求。
管理方式不同ERP仓储管理强调的是结果管理，WMS强调的是过程管理。ERP仓储管理是面向财务核算，WMS则是面向过程控制。 精细程度不同ERP仓储管理虽然也将仓储划分为库区库位，但因为没有过程的校验功能，很容易出现错放乱放的情况，导致库存管理的凌乱。
而WMS则利用条码技术对每个库区库位进行条码标识，上下架都需要进行扫描确认，可以保障每笔出入库业务的准确性，因而能实现精细的库存管理。ERP仓储管理一般能实现物料的批次管理，没办法进行唯一化区别确认。而WMS则可包容批次管理及唯一性管理，针对部分贵重物品或关键物料进行唯一性编码，增加物料管理的准确性。
WMS仓储管理系统将仓库管理信息化，无需人工繁琐的操作，节约了大量的人力成本，对于库存而言，对库存商品人为的自定义其最大、最小库存量，实现库存预警机制，对于库存的出货方式提供“先进先出”、“后进先出”等选项，可根据当时商品价格趋势、市场状况来客观选择，有效规避因客观原因导致的亏损问题。
WMS仓储管理系统是将仓库管理流程与计算机技术、信息技术相结合的一个呈现，更确切的说就是将仓库管理过程中入库、出库、调拨、盘点、库存等功能综合运用到系统中，为管理人员提供各种所需信息，完善企业仓储信息管理，实现信息数据的准确性、便捷性、实时性，将仓库管理系统化、规范化。
传统的仓库管理方式单凭人工操作的管理方式，具有一定的人为局限性，纸质的数据单据受时间和外在因素的限制，仓库内信息无法及时的交流与共享、纸质信息数据的遗失、库存积压等，不仅降低了仓库的执行能力，更造成管理方式跟不上企业发展的步伐，成为企业在激烈市场竞争中的绊脚石。