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管理方式不同ERP仓储管理强调的是结果管理，WMS强调的是过程管理。ERP仓储管理是面向财务核算，WMS则是面向过程控制。 精细程度不同ERP仓储管理虽然也将仓储划分为库区库位，但因为没有过程的校验功能，很容易出现错放乱放的情况，导致库存管理的凌乱。
而WMS则利用条码技术对每个库区库位进行条码标识，上下架都需要进行扫描确认，可以保障每笔出入库业务的准确性，因而能实现精细的库存管理。ERP仓储管理一般能实现物料的批次管理，没办法进行唯一化区别确认。
而WMS则可包容批次管理及唯一性管理，针对部分贵重物品或关键物料进行唯一性编码，增加物料管理的准确性。 效率不同ERP仓储管理部分厂家也集成了条码管理功能，但功能更上存在缺陷，不能对其他厂家的条码进行解析应用，没有和条码硬件及检测硬件的集成，导致最终不能实际应用，出入库、盘点、检验等业务仍需要手工输入，效率低下。
WMS则解决了以上的问题，通过扫描出入库及盘点增加了工作效率及准确率，而和检测设备的集成不但减少了仓储人员的工作量，增加了物料质量追溯的完整性，方便对供应商进行精细化考核。   适用范围不同ERP仓库管理适用于品种批次不多，出入库频率不高、对保质期和追溯性要求不高的企业，WMS则适用于品种批次较多，出入库频度很高、对保质期和追溯性有很高要求的仓库。

硬件集成应用不同ERP仓储管理基本没有硬件的集成应用，WMS则和条码设备、输送设备、叉车终端、检测设备等集成，实现仓库作业管理的自动化应用。拓展性不同ERP仓储管理属于成型的软件模块，基本不支持客户化开发，不能完全贴近自己的需求。WMS则灵活性很高，属于在基础软件框架上的二次开发，更贴近客户的需求。

WMS一般具有以下几个功能模块：基本信息管理：系统不仅支持对包括品名、规格、生产厂家、产品批号、生产日期、有效期和箱包装等商品基本信息进行设置，而且货位管理功能对所有货位进行编码并存储在系统的数据库中，使系统能有效的追踪商品所处位置，也便于操作人员根据货位号迅速定位到目标货位在仓库中的物理位置。
上架管理：系统在自动计算最佳上架货位的基础上，支持人工干预，提供已存放同品种的货位、剩余空间，并根据避免存储空间浪费的原则给出建议的上架货位并按优先度排序，操作人员可以直接确认或人工调整。
拣选管理：拣选指令中包含位置信息和最优路径，根据货位布局和确定拣选指导顺序，系统自动在RF终端的界面等相关设备中根据任务所涉及的货位给出指导性路径，避免无效穿梭和商品找寻，提高了单位时间内的拣选量。
库存管理：系统支持自动补货，通过自动补货算法，不仅确保了拣选面存货量，也能提高仓储空间利用率，降低货位蜂窝化现象出现的概率。系统能够对货位通过深度信息进行逻辑细分和动态设置，在不影响自动补货算法的同时，有效的提高了空间利用率和对控制精度。

1、业务批次管理该功能提供完善的物料批次信息、批次管理设置、批号编码规则设置、日常业务处理、报表查询，以及库存管理等综合批次管理功能，使企业进一步完善批次管理，满足经营管理的需求。
2、保质期管理在批次管理基础上，针对物料提供保质期管理及到期存货预警，以满足食品和医药行业的保质期管理需求。  用户可以设置保质期物料名称、录入初始数据、处理日常单据，以及查询即时库存和报表等。
3、质量检验管理集成质量管理功能是与采购、仓库、生产等环节的相关功能，实现对物料的质量控制，包括购货检验、完工检验和库存抽检3种质量检验业务。同时为仓库系统提供质量检验模块，综合处理与质量检验业务相关的检验单、质检方案和质检报表，包括设置质检方案检验单、质检业务报表等业务资料，以及查询质检报表等。
4、即时库存智能管理该功能用来查询当前物料即时库存数量和其他相关信息，库存更新控制随时更新当前库存数量，查看方式有如下多种。