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拓展性不同WMS灵活性很高，属于在基础软件框架上的二次开发，更贴近客户的需求；ERP仓储管理属于成型的软件模块，基本不支持客户化开发，不能完全贴近自己的需求。

管理方式不同ERP仓储管理强调的是结果管理，WMS强调的是过程管理。ERP仓储管理是面向财务核算，WMS则是面向过程控制。 精细程度不同ERP仓储管理虽然也将仓储划分为库区库位，但因为没有过程的校验功能，很容易出现错放乱放的情况，导致库存管理的凌乱。
而WMS则利用条码技术对每个库区库位进行条码标识，上下架都需要进行扫描确认，可以保障每笔出入库业务的准确性，因而能实现精细的库存管理。ERP仓储管理一般能实现物料的批次管理，没办法进行唯一化区别确认。
而WMS则可包容批次管理及唯一性管理，针对部分贵重物品或关键物料进行唯一性编码，增加物料管理的准确性。 效率不同ERP仓储管理部分厂家也集成了条码管理功能，但功能更上存在缺陷，不能对其他厂家的条码进行解析应用，没有和条码硬件及检测硬件的集成，导致最终不能实际应用，出入库、盘点、检验等业务仍需要手工输入，效率低下。
WMS则解决了以上的问题，通过扫描出入库及盘点增加了工作效率及准确率，而和检测设备的集成不但减少了仓储人员的工作量，增加了物料质量追溯的完整性，方便对供应商进行精细化考核。   适用范围不同ERP仓库管理适用于品种批次不多，出入库频率不高、对保质期和追溯性要求不高的企业，WMS则适用于品种批次较多，出入库频度很高、对保质期和追溯性有很高要求的仓库。

硬件集成应用不同ERP仓储管理基本没有硬件的集成应用，WMS则和条码设备、输送设备、叉车终端、检测设备等集成，实现仓库作业管理的自动化应用。拓展性不同ERP仓储管理属于成型的软件模块，基本不支持客户化开发，不能完全贴近自己的需求。WMS则灵活性很高，属于在基础软件框架上的二次开发，更贴近客户的需求。

WMS仓库管理系统的目的是独立实现仓储管理各种功能：收货、在正确的地点存货、存货管理、定单处理、分拣和配送控制。WMS将关注的焦点集中于对仓储执行的优化和有效管理，同时延伸到运输配送计划、和上下游供应商客户的信息交互，从而有效提高仓储企业、配送中心和生产企业的仓库的执行效率和生产率，降低成本，提高企业客户的满意度，从而提升企业的核心竞争力。