第一类是基于典型的配送中心业务的应用系统，在销售物流中如连锁超市的配送中心，在供应物流中如生产企业的零配件配送中心，都能见到这样的案例。该系统的目标，一是落实国家有关医药物流的管理和控制标准GSP等，二是优化流程，提高效率。 系统功能包括进货管理、库存管理、订单管理、拣选、复核、配送、RF终端管理、商品与货位基本信息管理等功能模块；通过网络化和数字化方式，提高库内作业控制水平和任务编排。该系统把配送时间缩短了50%，订单处理能力提高了一倍以上，还取得了显著的社会效益，成为医药物流的一个样板。 此类系统多用于制造业或分销业的供应链管理中，也是WMS中最常见的一类。
第二类是以仓储作业技术的整合为主要目标的系统，解决各种自动化设备的信息系统之间整合与优化的问题。该系统主要解决原材料库（钢坯）、半成品库（粗轧中厚板）与成品库（精轧薄板）之间的协调运行问题，否则将不能保持连续作业，不仅放空生产力，还会浪费能源。
该系统的难点在于物流系统与轧钢流水线的各自动化设备系统要无缝连接，使库存成为流水线的一个流动环节，也使流水线成为库存操作的一个组成部分。各种专用设备均有自己的信息系统，WMS不仅要整合设备系统，也要整合工艺流程系统，还要融入更大范围的企业整体信息化系统中去。此类系统涉及的流程相对规范、专业化，多出现在大型ERP系统之中，成为一个重要组成部分。第三类是以仓储业的经营决策为重点的应用系统，其鲜明的特点是具有非常灵活的计费系统、准确及时的核算系统和功能完善的客户管理系统，为仓储业经营提供决策支持信息。此类系统多用于一些提供公仓仓储服务的企业中，其流程管理、仓储作业的技术共性多、特性少，所以要求不高，适合对多数客户提供通用的服务。采用了一套适合自身特点的WMS以后，减少了人工成本，提高了仓库利用率，明显增加了经济效益。
1、业务批次管理该功能提供完善的物料批次信息、批次管理设置、批号编码规则设置、日常业务处理、报表查询，以及库存管理等综合批次管理功能，使企业进一步完善批次管理，满足经营管理的需求。
2、保质期管理在批次管理基础上，针对物料提供保质期管理及到期存货预警，以满足食品和医药行业的保质期管理需求。 用户可以设置保质期物料名称、录入初始数据、处理日常单据，以及查询即时库存和报表等。
3、质量检验管理集成质量管理功能是与采购、仓库、生产等环节的相关功能，实现对物料的质量控制，包括购货检验、完工检验和库存抽检3种质量检验业务。同时为仓库系统提供质量检验模块，综合处理与质量检验业务相关的检验单、质检方案和质检报表，包括设置质检方案检验单、质检业务报表等业务资料，以及查询质检报表等。
4、即时库存智能管理该功能用来查询当前物料即时库存数量和其他相关信息，库存更新控制随时更新当前库存数量，查看方式有如下多种。所有仓库、仓位、物料和批次的数量信息当前物料在仓库和仓位中的库存情况当前仓库中物料的库存情况当前物料的各批次在仓库和仓位中的库存情况当前仓库及当前仓位中的物料库存情况5、赠品管理该功能实现赠品管理的全面解决方案，包括赠品仓库设置、连属单据定义、赠品单据设置、定义业务单据联l系、日常业务流程处理，以及报表查询等功能。6、虚仓管理仓库不仅指具有实物形态的场地或建筑物，还包括不具有仓库实体形态，但代行仓库部分功能且代表物料不同管理方式的虚仓。仓库管理设置待检仓、代管仓和赠品仓等3种虚仓形式，并提供专门单据和报表综合管理虚仓业务。
7、仓位管理该功能在仓库中增加仓位属性，同时进行仓位管理，以丰富仓库信息，提高库存管理质量，主要包括基础资料设置、仓库仓位设置、初始数据录入、日常业务处理和即时库存查询等。
8、业务资料联查单据关联（包括上拉式和下推式关联）是工业供需链业务流程的基础，而单据联查查询业务流程中的单据关系。 在仓库系统中提供了单据、凭证、账薄、报表的全面关联，以及动态连续查询。
9、多级审核管理多级审核管理是对多级审核、审核人、审核权限和审核效果等进行授权的工作平台，是采用多角度、多级别及顺序审核处理业务单据的管理方法。它体现了工作流管理的思路，属于ERP系统的用户授权性质的基本管理设置。
10、系统参数设置该功能初始设置业务操作的基本业务信息和操作规则，包括设置系统参数、单据编码规则、打印及单据类型等，帮助用户把握业务操作规范和运作控制。
五：硬件集成应用不同 ERP仓储管理基本没有硬件的集成应用，WMS则和条码设备、输送设备、叉车终端、检测设备等集成，实现仓库作业管理的自动化应用。 六：拓展性不同 ERP仓储管理属于成型的软件模块，基本不支持客户化开发，不能完全贴近自己的需求。
WMS则灵活性很高，属于在基础软件框架上的二次开发，更贴近客户的需求 。